Les termes d'espèce exotique, espèce naturalisée et espèce envahissante sont des concepts « emboîtés », en ce sens que chacun d'eux inclut tous ceux qui le précèdent. Ces définitions concernent tous les types d'êtres vivants (faune, flore, champignons...).

Espèce indigène ou native : espèce ou taxon présent naturellement dans un secteur ou une région donnée.

Espèce endémique : cas particulier de l'indigénat. L'endémisme caractérise la présence naturelle d'une espèce ou d'un taxon localisé à une aire géographique strictement délimitée. Une espèce endémique l'est obligatoirement par rapport à un territoire donné.

Espèce exotique : espèce introduite dans une région d'où elle était absente auparavant. Il existe une discontinuité géographique entre son aire d'origine et sa nouvelle aire. Cette arrivée est liée à l'action de l'Homme. C'est l'Homme qui a été, volontairement ou involontairement, le vecteur qui a permis à une espèce de s'installer dans une région d'où elle était naturellement absente.

Espèce établie ou naturalisée : espèce exotique qui, en plus des 3 caractéristiques indiquées plus haut, en présente une supplémentaire :

Elle est naturalisée, c'est-à-dire qu'elle est capable de survivre, de se reproduire et de donner naissance à de nouvelles générations viables et reproductrices, sans l'aide de l'Homme.

Espèce exotique envahissante : espèce exotique qui, en plus des quatre caractéristiques indiquées plus haut, en présente une cinquième:

Elle pose des problèmes écologiques (perturbation des fonctions écologiques d'un milieu naturel ou semi-naturel, disparition de taxons indigènes, pollution génétique, transmission d'agents pathogènes pour les espèces natives) et/ou économiques, éventuellement de santé publique. Des indices     d'invasibilité peuvent être proposés de manière à affiner le pouvoir invasif des espèces exotiques. Concernant la Réunion et Mayotte, le CBNM a         mis au point une échelle inédite adaptée à la Flore vasculaire exotique comprenant 5 niveaux d'invasibilité croissant.

Les introductions d'espèces sont considérées comme l'un des problèmes environnementaux majeurs du XXI^ème siècle. A l'échelle humaine, il s'agit d'un phénomène généralement irréversible tout particulièrement en milieu insulaire océanique. Favorisées par la mondialisation de l'économie et des échanges, les introductions d'espèces sont encore en phase d'accélération et on ne sait généralement pas les maîtriser. Si elles se poursuivaient au rythme actuel, ces introductions pourraient déboucher sur une homogénéisation des organismes vivants, des peuplements et des paysages à l'échelle planétaire, avec des conséquences socio-économiques négatives pour l'Homme encore difficiles à évaluer. Une telle homogénéisation constituerait un évènement biologique et biogéographique majeur, sans équivalent au cours des temps géologiques.

L'augmentation actuelle des introductions ne doit pas faire oublier qu'elles constituent un phénomène aussi vieux que l'humanité. Toutefois, le phénomène a commencé son accélération moderne il y a 6 siècles, avec les grandes navigations. Pour exemple, Cristobal Colón et les conquistadores qui l'ont accompagné ont voyagé avec les plantes cultivées et les animaux domestiques qui leur étaient familiers en Europe probablement afin de reconstituer autour d'eux le paysage qui leur était commun (introductions volontaires) tandis qu'à leur insu, tous leurs parasites et pathogènes (cafards, rats, variole, rougeole, etc.) étaient également du voyage (introductions involontaires). Bien entendu, ces échanges ont été réciproques, et c'est ainsi que le Maïs, le Piment, le Chocolat, le Tabac, la Vanille, l'Avocat et la Tomate ont pu être découvert par le public européen. Dix milles espèces ont été introduites en Europe depuis la découverte du Nouveau monde, et certaines, comme par exemple la Jacinthe d'eau (Eichhornia crassipes) et l'écrevisse de Louisiane (Procambarus clarkii) sont devenues de véritables fléaux pour ses écosystèmes.